Kanonisoinnin tarve tiedostettiin alkuseurakunnassa, koska villitseviä harhaoppeja syntyi paljon. Ensimmäisen tunnetun ehdotuksen teki Irenaeus 200-luvun lopussa. Sen jälkeen aleksandrialainen Origen teki saman kokoelman sisältävän ehdotuksen. Kesarealainen Eusebius julkaisi oman ehdotuksensa 300-luvun alussa.

Eusebiuksella (260 – 340 jKr.) oli historiallisen tutkijan innoitusta ja hänen kirjoituksiaan on tallennettuna Kesarean kirjastossa ja Jerusalemin kristillisessä kirjastossa. Hän käytti kirjoitusten valikoimisessa tutkimalla onko kirjoitus:

Hän arvioi harhaoppisiksi muun muassa tekstit, jotka kulkivat nimellä

Täydellisesti tunnustettuina hän piti seuraavat kirjoitukset:

Vielä Nikean kirkolliskokoukseen mennessä (325 jKr.) ei saatu yksimielisyyttä kokoelmasta. Vuonna 367 jKr. Aleksandrian piispa Athanasius julkaisi luettelon uuden testamentin kaanonista, josta myöhemmin tuli nykyinen uuden liiton kokoelma. Hän käytti tästä prosessista ensimmäisen kerran nimeä "kanonizomena" eli "kanonisoida" (=koostaa ohjeeksi).

Athanasiuksen esittämä kokoelma hyväksyttiin katolisen kirkon kaanonina Trentin kokouksessa 382 jKr. Seuraavassa Hippon kokouksessa 393 jKr. hyväksyttiin sama kokoelma. Lopullisen kanonisoinnin katsotaan tapahtuneen Augustinuksen johtamassa Kartagon kokouksessa 419 jKr. Ilmestyskirja oli viimeinen, josta katolinen kirkko pääsi yksimielisyyteen. Itä-Rooman kirkot olivat pitkään vastustaneet sen liittämistä kaanoniin mutta lopulta ne taipuivat yhteiseen sopimukseen.

Eri kirkkokunnilla on erilainen kokoelma vanhan ja uuden liiton kirjoituksia raamatuissaan. Kiinnostavaa on, että esimerkiksi Martti Luther julkaisi 1522 uuden testamenttinsa, jossa hän poisti heprealaiskirjeen, Jaakobin kirjeen, Juudan kirjeen sekä ilmestyskirjan varsinaisten kirjoitusten joukosta ja liitti ne erikseen kirjoitusten loppuun. Hän katsoi niiden sisällön olevan ristiriidassa "sola fide", "allein durch den Glauben" eli "yksin uskosta" periaatteen kanssa.

Kaanonia koostettaessa ensimmäisenä kriteerinä on luonnollisesti ollut, onko käsikirjoitus alkuperäinen ja apostolien kirjoittama. Tätä kriteeriä kaikki nykyiseen kaanoniin otetut kirjoitukset eivät läpäise. Kiistämättömiä kirjoituksia alkuperän suhteen ovat olleet neljä evankeliumia, Paavalin kirjeet, 1. Johanneksen kirje ja 1. Pietarin kirje. Alkuperältään epävarmoina kirjoituksina nähtiin mm. Jaakobin kirja, Juudan kirja, Johanneksen ilmestys ja Johanneksen toinen ja kolmas kirje.

Toisena kaanoniin hyväksyttävien kirjoitusten kriteerinä on käytetty niiden sisältöä uskon ja terveen opin rakentamisessa. Tämä on myös vaativa kriteeri, koska usko on subjektiivinen asia. Kaikissa tarkastelun alla olevissa kirjoissa on hyvää uskon opetusta, mutta niissä saattaa olla myös vääriä painotuksia. Tämän kriteerin soveltamisesta on syntynyt hajaannusta eikä yhtä oikeaa kokoelmaa olekaan globaalisti löydetty.

Raamatun kaanon vakiintui nykyisen protestanttisen Raamatun mukaisena jo ennen Rooman valtiokirkon syntymistä. Katolinen ja ortodoksinen kirkko ovat lisänneet omiin kaanoneihinsa muitakin kirjoituksia ja oppeja, joita ei ole hyväksytty protestanttiseen kaanoniin.